Η Σαντορίνη, ή αλλιώς Θήρα, βρίσκεται στο νοτιότερο άκρο του συμπλέγματος των Κυκλάδων. Το νησί έχει σημαδευτεί από την έκρηξη του ηφαιστείου πριν από 3500 χρόνια. Στο ιδιαίτερο αυτό οικοσύστημα που δημιουργήθηκε, αναπτύσσεται ένας από τους αρχαιότερους και ομορφότερους αμπελώνες του κόσμου. Πρόκειται για έναν από τους λιγοστούς αμπελώνες παγκοσμίως που δεν χτυπήθηκε από την φυλλοξήρα, λόγω της ηφαιστειακής σύστασης του εδάφους. Τα αμπέλια, εκτείνονται σε όλο το νησί, τα περισσότερα όμως βρίσκονται στο κεντρικό και νότιο τμήμα. Διαμορφώνονται σε σχήμα καλαθιών (κουλούρες ή αμπελιές όπως καλούνται), μέσα στα οποία τα σταφύλια προστατεύονται από τον ήλιο και τα μελτέμια. Ο αμπελώνας καταλαμβάνει έκταση περίπου 1400 εκταρίων, ξεκινώντας από την θάλασσα και φτάνει έως 300 μέτρα υψόμετρο.

Όπως σε όλα τα νησιά της Ελλάδας, η Σαντορίνη διαθέτει πολλές γηγενείς ποικιλίες, αρκετές εκ των οποίων απειλούνται με εξαφάνιση. Οι λευκές ποικιλίες καλύπτουν το 80% του αμπελώνα. Η σημαντικότερη ποικιλία είναι το χαρισματικό Ασύρτικο, ίσως η καλύτερη Ελληνική λευκή ποικιλία, καταλαμβάνοντας έκταση περίπου 950 εκταρίων, που σε συνδυασμό με την ηφαιστειακή σύνθεση του εδάφους δίνει εξαιρετικά κρασιά παγκοσμίου κλάσης. Άλλες λευκές ποικιλίες που συναντάμε στο νησί είναι το Αιδάνι και το Αθήρι.

Αν και τα πιο διάσημα κρασιά της Σαντορίνης είναι λευκά, ωστόσο ένα μικρό μέρος του αμπελώνα καλύπτεται από ερυθρές ποικιλίες. Η Μανδηλαριά, που συναντάται σε όλα τα νησιά του Αιγαίου, χρησιμοποιείται για την παραγωγή ξηρών και γλυκών ροζέ κρασιών αλλά και κάποιων ξηρών ερυθρών οίνων. Το Mezzo είναι ένα γλυκό κόκκινο κρασί που παράγεται από την Μανδηλαριά και παλαιώνει για τουλάχιστον ένα χρόνο σε δρύινα βαρέλια.

Η ερυθρή γηγενής ποικιλία που παρουσιάζει ιδιαίτερο ενδιαφέρων τα τελευταία χρόνια είναι το Μαυροτράγανο, που μετά από πολλούς πειραματισμούς που πραγματοποίησαν οι παραγωγοί του νησιού, έχει δώσει εξαιρετικά κρασιά έχοντας κερδίσει διθυραμβικά σχόλια από Έλληνες και ξένους επαγγελματίες. Τα κρασιά που παράγονται έχουν έντονο χρώμα, πολύπλοκα και έντονα αρώματα μαύρων φρούτων, σοκολάτας, βοτάνων και γης με υψηλό επίπεδο τανινών και δυνατότητα παλαίωσης.

Άλλες γηγενείς ποικιλίες που συναντάμε στην Θήρα, σε πολύ μικρές ποσότητες όμως, είναι η λευκή Γαιδουριά και η ερυθρή Βουδόματο. Οι διεθνείς ποικιλίες στην Σαντορίνη είναι ελάσσονος σημασίας.

Το νησί διαθέτει την Π.Ο.Π. Σαντορίνη όπου παράγονται λευκά ξηρά κρασιά κυρίως από Ασύρτικο, αλλά μπορούν να συμμετέχουν και οι ποικιλίες Αθήρι και Αιδάνι, καθώς και γλυκά κρασιά που λέγονται Vinsanto. Το παραδοσιακό λευκό, υψηλόβαθμο κρασί, Νυχτέρι, μπορεί να φέρει και αυτό την ένδειξη Π.Ο.Π. Τα κρασιά που δεν μπορούν να φέρουν την ένδειξη Π.Ο.Π μπορούν να κατατάσσονται ως Π.Γ.Ε. Κυκλάδες εφόσον πληρούν τις προϋποθέσεις.